Projektet "DNA of the POLAR SEAS", har til formål at undersøge hidtil ukendte mikroskopiske organismer i Arktis samt Antarktis. 99% af mikroorganismerne i Havene er stort set ukendte, da de ikke kan dyrkes i laboratoriet. Ved hjælp af DNA sekventering og Metagenom-analyse kan vi få ny viden om disse ukendte organismer. Projektet er økonomist støttet af Villum Kahn Rasmussen samt Lundbeck fondene. Endvidere har Canada Goose ydet støtte til beklædning.

Tuesday, December 18, 2007

G3 - 1.000.000.000 basepar, tak !

I vores oprindelige projekt beskrivelse havde vi regnet med at sekventere små 100.000.000 basepar. Det var på baggrund af prisniveauet og vores daværende leverandør så meget der kunne blive råd til.
Som indenfor alt teknologi udvikling gælder Moore's Lov (eller en tilnærmelse) og det samt et godt samabejde med vores leverandør MWG har medført, at vi nu har været istand til at få ca. 10 gange så meget data for det samme budget.

G3 - Første analyse lover godt

Efter hjemkomst fra Antarktis og endelig modtagelse af prøverne i April i København (vi havde ladet prøverne blive ombord på VDRN), blev laboratorie arbejdet skudt igang.

Efter kynding vejledning fra NUF fra KU fik laborant Pia Friis med ekpert hånd ekstraheret DNA fra dybet. Det tredje store skridt var taget. (Første var få prøver indsamlet, andet var få dem hjem til laboratoriet).

Næste skridt i processen var en diversitetsanalyse, hvor mange forskellige bakterier er der i vores prøver ? Den blev udført i SydKorea af vores leverandør Macrogen. Analysen er en såkladt 16S RNA analyse, hvor man kigger på et gen der ændre sig ganske lidt over evolutionær tid. Så ved at analysere antallet af forskellige varianter af disse gener kan vi sige noget om hvor mange forskellige arter af bakterier der er i vores prøver.

De foreløbige resultater fra disse analyser viser uventet stor diversitet. Hvilket lover godt for de næste analyser.

G3 - POLAR DNA i CAMBRIDGE


I April i år havde Thomas en poster med om Polarhavenes DNA samt Galathea3 på konferencen "Microbial Genomes 2007" ved Univerity of Cambridge. Den vakte stor interesse og især mængderne af vand vi havde indsamlet gjorde indtryk.
Poster: Thomas Sicheritz-Ponten (2007)